お客様が領収書を発行したかどうか確認することはできますか? 領収書発行済か確認することは可能です。

【管理画面で確認する方法】
受注管理>受注一覧の詳細画面>「領収書最終発行日時」にて日時が入っていれば領収書発行済み、
「未発行」と表示されていれば未発行です。

【FTPで確認する方法】※FTPのオプションをご利用の場合
FTPにログインすると「report_backup」というディレクトリがあります。
領収書を出力されたご注文は、エンドユーザーが表示した領収書と同じものがその中に保存されています。
ディレクトリ内で注文番号で検索をし、検索して該当があれば領収書発行済み、該当がなければ未発行です。